复旦大学植物科学研究所成立于2008年11月，含有遗传学、生物化学与分子生物学、生态学及植物学共4个学科点。目前有36个课题组，教授、研究员30人，副教授、副研究员6人；其中“千人计划”3人，“长江学者”1人，“杰青”4人，“青年千人”5人，“教育部新世纪优秀人才”1人，“上海市优秀学科带头人”1人，“上海市曙光计划”2人及“上海市浦江人才”7人。研究方向包括：1）植物发育、高产和抗逆的分子机理；2）重要功能基因发掘与作物分子遗传改良；3）植物入侵的进化机制。

      研究所实验室总面积近五千平米。在仪器设备方面，除了各课题组自主仪器及共享遗传工程国家重点实验室的平台设备外，植物所在学院211、985学科建设项目支持下，添置了激光共聚焦显微镜、稳定同位素分析系统DELTA V Advantage+ 移液工作站、Picarro痕量气体分析器、磷酸脂肪酸分析系统、大型高速冷冻离心机、倒置荧光显微镜、电子显微镜、磷屏、多功能酶标仪、便携式光合-荧光测量系统及荧光HPLC等仪器。

      研究所研究平台包括江湾人工气候室、太仓田间试验基地、转基因平台及生态湿地野外观察站四大平台。2014年开始启用的江湾人工气候室占地面积2000平方米，其中包括人工气候室6套、日光型人工气候室6套、标准型组织培养室6套、次标准型组织培养室8套、普通型组织培养室10套、玻璃温室11套及冷藏室2套和接种试剂配制室1套。位于江苏省太仓市的复旦大学太仓田间试验基地始建于2010年并于同年投入使用，其占地面积72亩，外有围墙、围栏护围，内配有简易工作房、旱棚、大棚、网室及转基因材料种植专区等设施，目前运行良好。此外，复旦大学长江河口湿地生态系统野外站进行了十多年的探索，实现了湿地生态系统物质和能量通量以及微气象的长期连续自动观测，并且不断尝试增加新的监测项目，实践从野外测量到数据获取的无缝连接，建成了野外观测、数据采集、室内分析相结合的教学、科研基地。