基本信息
职称：研究员
电话：021-51630533
邮箱：qij@fudan.edu.cn
地址：复旦大学生命科学学院 E401-6室
 
个人简介
男，1977年出生，博士，教授。1995-1999年就读吉林大学物理系，获学士学位；1999-2004就读于中国科学院理论物理研究所，获博士学位；2005-2010年在美国宾州州立大学比较基因组学和生物信息学中心从事博士后研究；2010年受聘复旦大学生命科学学院，先后任副教授、研究员。
 
主要研究方向 (Research Interests)
主要从事计算生物学相关方向的研究，包括：
1. 基因组序列多态性与减数分裂重组现象研究：结合高通量测序手段和比较基因组学方法研究模式生物基因组的序列多态性；基于亲本和减数分裂子代的基因组差异研究减数分裂重组现象的分子机制。
2. 使用系统发育基因组学相关方法研究基因组多倍化后重复基因的保留与功能分化。
3. 利用高通量测序技术精确预测序列多态性和结构变异等生物信息学算法研究，以解决生物问题为目的推动计算生物学方法的发展。
4. 通过数理统计方法分析微生物基因组的物种特异性特征，有效预测环境微生物的群落构成。
 
代表性成果
N. Ye*, X. Zhang, M. Miao, X. Fan, Y. Zheng, D. Xu, J. Wang, L. Zhou, D. Wang, Y. Gao, Y. Wang, W. Shi, P. Ji, D. Li, Z. Guan, C. Shao, Z. Zhuang, Z. Gao, J. Qi*, F. Zhao*. (2015) Saccharina genomes provide novel insight into kelp biology. Nature Communications 6: 6986, doi:10.1038/ncomms7986
J. Qi, Y. Chen, G. P. Copenhaver, H. Ma*. (2014) Detection of Genomic Variations and DNA Polymorphisms and Impact on Analysis of Meiotic Recombination and Genetic Mapping. Proc Natl Acad Sci U S A. 111: 10007-10012
J. Liu, H. Wang, H. Yang, Y. Zhang, J. Wang, F. Zhao* and J. Qi* (2013) Composition based classification of short metagenomic sequences elucidates the landscapes of taxonomic and functional enrichment of microorganisms. Nucleic Acids Research 41:e3
P. Lu#, X. Han#, J. Qi#, J. Yang, A. J. Wijeratne, T. Li and H. Ma. (2012). Analysis of Arabidopsis genome-wide variations before and after meiosis and meiotic recombination by re-sequencing Landsberg erecta and all four products of a single meiosis. Genome Research 22:508-518
J. Qi* and F. Zhao*. (2011). inGAP-sv: a novel scheme to identify and visualize structural variation from paired end mapping data. Nucleic Acids Research 39:W567-75